Phylogeny and antimicrobial resistance of extended-spectrum beta-lactamaseproducing Escherichia coli from hospitalized oncology patients in Perú / Filogenia y resistencia de cepas de Escherichia coli productoras de betalactamasas de espectro extendido a los antibióticos en pacientes con cáncer hospitalizados en Perú.

Introduction: Healthcare-associated infections are a public health problem due to the increased morbimortality of patients, especially those with risk factors such as immunosuppression due to oncological diseases. It is essential to determine the genetic diversity of the main microorganisms causing healthcare infections by combining traditional epidemiological surveillance and molecular epidemiology for better outbreak follow-up and early detection. Objective: To determine the phylogenetic group and antibiotic resistance of Escherichia coli isolated from hospitalized oncologic patients. Materials and methods: We conducted a cross-sectional study of 67 strains of ESBL-producing Escherichia coli to determine their phylogenetic group and described their antibiotic resistance profile, beta-lactam resistance genes, as well as the type of sample and the hospitalization areas from which they were recovered. Results: The most frequent phylogenetic group was B2 (36%); 57% of B2 strains were isolated from urine and 33% came from the urology department. Resistance to ciprofloxacin and gentamicin was 92% and 53%, respectively, and 79% of the strains had the blaCTX-M gene. A significant association (p<0.05) was found between the phylogenetic groups, ciprofloxacin resistance, and the age of the patients. Conclusion: The predominant E. coli phylogroup was B2. We evidenced high resistance to ciprofloxacin and gentamicin, a high proportion of ESBL strains with the blaCTX-M gene, and a significant association between the phylogenetic group and the resistance to ciprofloxacin.

Introducción. Las infecciones asociadas con la atención en salud constituyen un problema de salud pública porque aumentan la morbimortalidad de los pacientes, sobre todo de aquellos con factores de riesgo, como la inmunosupresión debida a enfermedades oncológicas. Es importante conocer la diversidad genética de los principales microorganimos causantes de infecciones hospitalarias mediante la vigilancia epidemiológica tradicional y la epidemiología molecular, para hacer un mejor seguimiento y detectar brotes tempranamente. Objetivo. Determinar el grupo filogenético y la resistencia a antibióticos de las cepas de Escherichia coli aisladas de pacientes con cáncer hospitalizados. Materiales y métodos. Se hizo un estudio de tipo transversal que incluyó 67 cepas de Escherichia coli productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE). Se determinó el grupo filogenético, el perfil de resistencia a los antibióticos, los genes de resistencia a betalactámicos, el tipo de las muestras y los servicios de hospitalización de donde fueron recuperadas. Resultados. El grupo filogenético más frecuente fue el B2 (36 %). El 57 % de las cepas B2 fueron aisladas de muestras de orina y el 33 % provenía del servicio de urología. La resistencia a ciprofloxacino y gentamicina fue de 91 y 53 %, respectivamente, y el 79 % de las cepas tenía el gen blaCTX-M. Se encontró una relación significativa (p<0,05) entre los grupos filogenéticos y la resistencia a ciprofloxacina, así como a la edad del paciente. Conclusión. El filogrupo de E. coli predominante fue el B2. Se evidenció una gran resistencia a ciprofloxacina y gentamicina, una proporción elevada de cepas BLEE con el blaCTX-M, y una relación entre el grupo filogenético y la resistencia a ciprofloxacino.

Filogenia y resistencia de cepas de Escherichia coli productoras de betalactamasas de espectro extendido a los antibióticos en pacientes con cáncer hospitalizados en Perú / Phylogeny and antimicrobial resistance of extended-spectrum beta-lactamase- producing Escherichia coli from hospitalized oncology patients in Perú

Introducción. Las infecciones asociadas con la atención en salud constituyen un problema de salud pública porque aumentan la morbimortalidad de los pacientes, sobre todo de aquellos con factores de riesgo, como la inmunosupresión debida a enfermedades oncológicas. Es importante conocer la diversidad genética de los principales microorganimos causantes de infecciones hospitalarias mediante la vigilancia epidemiológica tradicional y la epidemiología molecular, para hacer un mejor seguimiento y detectar brotes tempranamente. Objetivo. Determinar el grupo filogenético y la resistencia a antibióticos de las cepas de Escherichia coli aisladas de pacientes con cáncer hospitalizados. Materiales y métodos. Se hizo un estudio de tipo transversal que incluyó 67 cepas de Escherichia coli productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE). Se determinó el grupo filogenético, el perfil de resistencia a los antibióticos, los genes de resistencia a betalactámicos, el tipo de las muestras y los servicios de hospitalización de donde fueron recuperadas. Resultados. El grupo filogenético más frecuente fue el B2 (36 %). El 57 % de las cepas B2 fueron aisladas de muestras de orina y el 33 % provenía del servicio de urología. La resistencia a ciprofloxacino y gentamicina fue de 91 y 53 %, respectivamente, y el 79 % de las cepas tenía el gen blaCTX-M. Se encontró una relación significativa (p<0,05) entre los grupos filogenéticos y la resistencia a ciprofloxacina, así como a la edad del paciente. Conclusión. El filogrupo de E. coli predominante fue el B2. Se evidenció una gran resistencia a ciprofloxacina y gentamicina, una proporción elevada de cepas BLEE con el blaCTX-M, y una relación entre el grupo filogenético y la resistencia a ciprofloxacino.

Introduction: Healthcare-associated infections are a public health problem due to the increased morbimortality of patients, especially those with risk factors such as immunosuppression due to oncological diseases. It is essential to determine the genetic diversity of the main microorganisms causing healthcare infections by combining traditional epidemiological surveillance and molecular epidemiology for better outbreak follow-up and early detection. Objective: To determine the phylogenetic group and antibiotic resistance of Escherichia coliisolated from hospitalized oncologic patients. Materials and methods: We conducted a cross-sectional study of 67 strains of ESBL-producing Escherichia coli to determine their phylogenetic group and described their antibiotic resistance profile, beta-lactam resistance genes, as well as the type of sample and the hospitalization areas from which they were recovered. Results: The most frequent phylogenetic group was B2 (36%); 57% of B2 strains were isolated from urine and 33% came from the urology department. Resistance to ciprofloxacin and gentamicin was 92% and 53%, respectively, and 79% of the strains had the blaCTX-Mgene. A significant association (p<0.05) was found between the phylogenetic groups, ciprofloxacin resistance, and the age of the patients. Conclusion: The predominant E. coli phylogroup was B2. We evidenced high resistance to ciprofloxacin and gentamicin, a high proportion of ESBL strains with the blaCTX-M gene, and a significant association between the phylogenetic group and the resistance to ciprofloxacin.

Quantifying the effect of human population mobility on malaria risk in the Peruvian Amazon.

The impact of human population movement (HPM) on the epidemiology of vector-borne diseases, such as malaria, has been described. However, there are limited data on the use of new technologies for the study of HPM in endemic areas with difficult access such as the Amazon. In this study conducted in rural Peruvian Amazon, we used self-reported travel surveys and GPS trackers coupled with a Bayesian spatial model to quantify the role of HPM on malaria risk. By using a densely sampled population cohort, this study highlighted the elevated malaria transmission in a riverine community of the Peruvian Amazon. We also found that the high connectivity between Amazon communities for reasons such as work, trading or family plausibly sustains such transmission levels. Finally, by using multiple human mobility metrics including GPS trackers, and adapted causal inference methods we identified for the first time the effect of human mobility patterns on malaria risk in rural Peruvian Amazon. This study provides evidence of the causal effect of HPM on malaria that may help to adapt current malaria control programmes in the Amazon.

Missed opportunities for vaccination in Peru 2010-2020: A study of socioeconomic inequalities.

Background: Missed Opportunities for Vaccination (MOV) represent a major risk in the re-emergence of immunopreventable diseases. However, in the region, there are few published studies on MOVs using national databases such as demographic and health surveys (DHS). This study aims to describe the frequency and trends of MOVs for the first dose of vaccines against the leading causes of infant morbidity and mortality, their complete vaccination coverage, and trends in socioeconomic inequalities at the national and departmental levels for an 11-years period. Methods: Using DHS data from an 11-year period (2010-2020), we calculated frequencies and trends in MOVs of vaccines for the leading causes of child morbidity and mortality, estimated inequalities in MOVs using the Slope Inequality Index (SII) and conducted a spatial autocorrelation test to identify clusters of higher or lower inequality in MOVs at the national level. Findings: We found that, at the national level, greater inequality was concentrated in the wealthiest categories of each socioeconomic variable. We identified that departments with higher poverty rates concentrated higher levels of inequality in the MOVs in the lowest strata of the socioeconomic variables. In addition, we found that some departments with similar geographic and socioeconomic characteristics had spatially correlated levels of inequality on MOVs. Interpretation: These findings can help to identify the heterogeneity that exists in the distribution of MOVs among departments and socioeconomic strata, which would help to prioritize specific areas and subpopulations for national immunization strategies. Funding: No additional funding source was required for this study.

Presence of fimH and afa genes in urinary isolates of extended-spectrum beta-lactamases producing Escherichia coli in Lima, Peru. / Presencia de genes fimH y afa en aislamientos urinarios de Escherichia coli productora de betalactamasas de espectro extendido en Lima, Perú.

Descriptive study conducted in order to determine the presence of the fimH and afa genes in urinary isolates of extended-spectrum beta-lactamases (ESBL) producing Escherichia coli. Isolates from project TO-06/09 of the Instituto Nacional de Salud del Niño in Lima, Peru were used. A total of 75 urinary isolates of Escherichia coli were included. Gene identification was performed by polymerase chain reaction. From the 75 isolates, 74 (98.7%) were positive for the fimH gene and 6 (8.0%) were positive for the afa gene. Virulence factors produced by the fimH and afa genes were evident in urinary isolates of ESBL producing Escherichia coli.

Con el objetivo de determinar la presencia de los genes fimH y afa en aislamientos urinarios de Escherichia coli productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE), se realizó un estudio descriptivo, con aislamientos del cepario del proyecto TO-06/09 del Instituto Nacional de Salud del Niño en Lima, Perú. Se incluyeron 75 aislamientos urinarios de Escherichia coli. La identificación de genes se realizó por reacción en cadena de la polimerasa. De los 75 aislamientos, 74 (98,7%) fueron positivos para el gen fimH y 6 (8,0%) fueron positivos para el gen afa. Se evidenció la presencia de los factores de virulencia producidos por los genes fimH y afa en aislamientos urinarios de Escherichia coli productoras de BLEE.

Presencia de genes fimH y afa en aislamientos urinarios de Escherichia coli productora de betalactamasas de espectro extendido en Lima, Perú / Presence of fimH and afa genes in urinary isolates of extended-spectrum beta-lactamases producing Escherichia coli in Lima, Peru

RESUMEN Con el objetivo de determinar la presencia de los genes fimH y afa en aislamientos urinarios de Escherichia coli productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE), se realizó un estudio descriptivo, con aislamientos del cepario del proyecto TO-06/09 del Instituto Nacional de Salud del Niño en Lima, Perú. Se incluyeron 75 aislamientos urinarios de Escherichia coli. La identificación de genes se realizó por reacción en cadena de la polimerasa. De los 75 aislamientos, 74 (98,7%) fueron positivos para el gen fimH y 6 (8,0%) fueron positivos para el gen afa. Se evidenció la presencia de los factores de virulencia producidos por los genes fimH y afa en aislamientos urinarios de Escherichia coli productoras de BLEE.

ABSTRACT Descriptive study conducted in order to determine the presence of the fimH and afa genes in urinary isolates of extended-spectrum beta-lactamases (ESBL) producing Escherichia coli. Isolates from project TO-06/09 of the Instituto Nacional de Salud del Niño in Lima, Peru were used. A total of 75 urinary isolates of Escherichia coli were included. Gene identification was performed by polymerase chain reaction. From the 75 isolates, 74 (98.7%) were positive for the fimH gene and 6 (8.0%) were positive for the afa gene. Virulence factors produced by the fimH and afa genes were evident in urinary isolates of ESBL producing Escherichia coli.